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鎮神社の社叢はスギの巨木林で、そのほかカラマツ、ケヤキ、ハリモミなどがみられます。スギは最大のもので、胸高直径144cm、樹高39mです。このほか胸高直径100cm以上のものが6本あり、いずれも樹高は40m近くあります。
御神木もスギですが、胸高直径112cmあります。スギは県内各地の神社に植栽されていますが、寡雪地帯では樹勢が弱り生育できない場合が多く、鎮神社のスギは最大級ではないですが、不適地に生育する意味で貴重なものといえます。このほかハリモミが生育しており、胸高118cm、樹高が42.3mの巨木であり、長野県内でも最大級のものとなっています。